عیسی یک سال آن بزرگوار را در بصره زندانی نمود تا این که هارون نامه‌ای به او نوشت که آن حضرت را بکشد. عیسی برخی از نزدیکان و مشاورین خود را خواست و درباره‌ی کشتن آن حضرت با آنها مشورت کرد. آنان صلاح او را در این کار ندیده و به او گفتند که از کشتن موسی بن جعفر (علیه السلام) صرفنظر کند و از هارون بخواهد که او را از این کار معاف دارد. پس عیسی نامه‌ای به هارون نوشت که: چندی است موسی بن جعفر (علیه السلام) در زندان من به سر می‌برد و من در این مدت او را آزموده‌ام و دیده بانانی بر او گماشته‌ام، ولی هیچگاه دیده نشد به چیزی جز عبادت سرگرم باشد. فردی را گماردم تا هنگام دعای او گوش فرا دارد و بشنود در دعا چه می‌گوید، اما شنیده نشد بر تو و بر من نفرین کند و نام ما را به بدی ببرد و برای خود نیز جز به آمرزش و رحمت دعایی نمی‌کند. پس اکنون کسی را بفرست تا من موسی بن جعفر (علیه السلام) را به او بسپارم و گرنه رهایش خواهم کرد، زیرا من بیش از این نمی‌توانم او را در حبس نگه دارم.
در همین خصوص از قول برخی از دیده‌بانانی که عیسی بر آن حضرت گماشته بود نقل شده که: آنها بسیار می‌شنیدند که آن حضرت در دعای خود می‌گوید: "بار خدایا! تو می‌دانی که من جای خلوتی برای عبادت از تو خواسته بودم و تو چنین جایی برای من آماده کردی، پس سپاس از آن تو است."
پس از آن هارون، امام موسی کاظم (علیه السلام) را به نزد فضل بن ربیع که یکی از وزیرانش بود فرستاد و به او دستور داد تا آن حضرت را بکشد، اما او نیز از انجام این کار، خودداری کرد. پس از او نوبت به فضل پسر یحیی رسید که او هم از کشتن امام کاظم (علیه السلام) سرباز زد. این بار هارون کار را به دست فردی داد که رحمی در دل نداشته باشد. فرستاده هارون به سوی بغداد آمد و سندی بن شاهک (رئیس شرطه بغداد و یهودی مذهب) را طلبید و به او دستور کشتن موسی بن جعفر (علیه السلام) را داد. سندی بن شاهک غذایی را به زهر آلوده کرد و آن را به داخل زندان، نزد موسی بن جعفر (علیه السلام) برد ... امام در اثر آن زهر سه روز به سختی بیمار شد و سرانجام پس از تحمل سالها رنج و مشقت زندان، در سخت‌ترین شرایط، مظلومانه به شهادت رسید.

« برگرفته از کتاب ارشاد شیخ مفید، ترجمه و شرح سید هاشم رسولی محلاتی (با اندکی تغییر) »
منبع: http://www.roshd.org/per/subs/show.asp?code=78